依危害特征和危险程度，食品安全性指标可分为3类：
（1）严重危害人体健康的指标，包括致病性微生物与毒素、有毒有害的化学物质、放射性污染物等，如致病菌、金黄色葡萄球菌肠毒素、黄曲霉毒素、砷、铅、汞、亚硝胺、苯并（a）芘等。
（2）反映食品可能被污染以及污染程度的指标，包括菌落总数、大肠菌群等。一般说来，菌落总数的多少并不预示疾病发生的可能性与危害程度，但却反映了食品生产加工过程的卫生状况。如菌落总数升高，提示加工过程中可能存在较严重的微生物污染源、食品的热加工或其他消毒工艺不彻底、食品的冷却与贮藏过程不合理、食品生产加工过程缺乏卫生管理等问题。
（3）间接反映食品卫生质量发生变化的指标，包括水分、含氮化合物、挥发性盐基氮、酸价等。这些指标不能被简单地看作是一般质量指标而忽视了它们对保证食品安全的重要意义。如水是食品中微生物生长繁殖的有利条件，水分含量越高，食品中的细菌越容易生长繁殖，食品也就越容易腐败变质。所以，这类指标对控制食品的安全与卫生质量具有不可忽视的重要意义。
