蔬菜水果腐败变质的原因有：
（1）微生物污染 未收获的蔬菜、水果表面除了正常的寄生菌外，其生长环境的污染是其微生物的主要来源，其中土壤是重要的微生物污染来源。
（2）农药污染 在蔬菜、水果的生长过程中会施用农药，从而造成农药的残留。进食未洗净的蔬菜、水果会造成农药中毒。
（3）人畜粪便的污染 由于使用人畜粪便和生活污水灌溉菜地，故蔬菜被肠道致病菌和寄生虫卵污染的情况较严重。
（4）工业废水的污染 工业“三废”中含有许多有害重金属成分，如汞、镉、铅等，若不经处理而直接灌溉菜地，毒物可通过蔬菜进入人体，产生危害。
（5）硝酸盐和亚硝酸盐：一般蔬菜、水果中硝酸盐与亚硝酸盐含量很少，但在生长时遇到干旱或收获后不恰当存放、贮藏和腌制时，其硝酸盐和亚硝酸盐含量增加，会对人体产生不利影响。
