食品卫生质量的细菌污染指标有：菌落总数、大肠菌群数和致病菌。
（1）菌落总数：是指一定量的被检样品在规定条件下培养所生成的细菌菌落总数，以菌落形成单位（CFU）表示。食品菌落总数是食品清洁状态的标志，利用菌落总数可预测食品的耐保藏性。
（2）大肠菌群：一般以100g或100ml食品中的菌落计数来表示，简称大肠菌群最近似数（MPN）。MPN是样品中活菌密度的估计值。食品中检出的大肠菌群数可提示该食品是否受到人与温血动物粪便的污染。如果发现有典型大肠杆菌，说明是近期污染；发现其他菌属，则说明可能为陈旧污染。另外，该细菌也可作为肠道致病菌污染食品的指示菌。
（3）致病菌：致病菌进入人体后可引起食源性疾病，常见的有沙门菌、志贺氏菌等。致病菌与疾病直接相关，一般规定在食品中不得检出。
